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AGO APP smallRNA芯片

  • 简介
  • 技术优势
  • 实验原理和流程
  • 结果展示

  • AGO APP smallRNA芯片服务利用特异性结合AGO1-4蛋白的T6B肽段偶联GST磁珠富集结合AGO蛋白的smallRNA，包括miRNA、tsRNA、Agotron、sdRNA等，进行smallRNA芯片筛选，从而取得结合AGO蛋白调控RNA稳定性和翻译的smallRNA。

    Argonaute (AGO)蛋白是一类庞大的蛋白质家族，包含AGO1-4，是组成RISCs(RNA-induced silencing complex )复合物的主要成员[1]。AGO蛋白的经典功能是AGO2在细胞质中装载miRNA形成RISC复合物，并介导miRNA顺利获得序列互补配对结合靶基因mRNA 3’UTR，促进mRNA降解或蛋白翻译抑制。AGO蛋白-smallRNA的复合物可以分泌到体液中并稳定存在，作为潜在的疾病诊断的生物标志物。



    图1. 血浆外泌体之外结合AGO2稳定存在的miRNA[2]



  • u  AGO APP可同时富集AGO1/2/3/4蛋白结合的smallRNA进行检测；

    u  AGO APP使用的T6B-coupled beads与Ago亲和性高，且检测物种更广泛（从昆虫到人都可检测）；

    u  AGO APP smallRNA芯片能检测miRNA、tsRNA、Agotron等多种smallRNA，覆盖范围广；

    u  芯片探针检测特异性高，操作简单，样本需求量少。

     

    参考文献：

    [1] Iwakawa HO, et al. Mol Cell. 2022. PMID: 34942118

    [2] Arroyo, Jason D et al. PNAS. 2011. PMID: 21383194

  • 实验原理

    AGO APP(Affinity Purification by Peptides) smallRNA芯片利用特异性结合AGO1-4蛋白的T6B-coupled GST beads富集结合AGO1-4的smallRNA[7]，包括miRNA、tsRNA、Agotron等，进行AGO APP smallRNA芯片筛选，从而取得结合AGO蛋白发挥调控功能的smallRNA（对于AGO结合的蛋白也可同时进行质谱检测）。

    样本用量：细胞用量>2*10^7个；组织>50mg；血浆血清>2ml。

     

    实验流程

    1.细胞/组织裂解；

    2.AGO APP富集结合的smallRNA；

    3.SmallRNA 3’去磷酸化，DMSO变性，Cy3C标记；

    4.与Arraystar smallRNA芯片杂交；

    5.扫描芯片，进行数据分析；

    6.给予结果报告。

  • 1.差异AGO APP富集的smallRNA注释信息表格

     

     

    2.差异AGO APP富集的smallRNA火山图、散点图、聚类图

         


    3.深入数据分析：smallRNA 靶基因预测及靶基因GO/pathway分析