nrStar™ ncRNA PCR芯片

• tRNA Repertoire PCR芯片服务
• tRF&tiRNA PCR芯片服务
• Functional LncRNA PCR芯片服务
• snoRNA PCR芯片服务

•        转运RNA (tRNA) 是生物体内分布最广泛、含量最丰富的非编码小RNA分子。它携带并转运氨基酸，参与蛋白翻译，是连接mRNA与蛋白质的重要桥梁。细胞增殖、分化和凋亡等一系列生物学过程都伴随着tRNA水平的变化。反之，tRNA表达谱的改变也会影响细胞发育过程中的命运抉择。表达失调的tRNA可以促进肿瘤的发生和癌症进程。另外，许多其它疾病比如II型糖尿病、亨廷顿症以及HIV感染都出现了tRNA表达与分布紊乱。tRNA研究已逐渐成为生物学过程和疾病研究的重要组成部分。

         美国Arraystar公司是非编码RNA研究最优秀的产品服务给予商。近期Arraystar发布了市场上首款专注于tRNA研究的PCR芯片­— nrStar™ Human tRNA Repertoire PCR Array。该款芯片可同时检测66个细胞核tRNA和22线粒体tRNA，覆盖了tRNA权威数据库GtRNAdb和tRNAdb中的所有反密码子，方便客户快速地进行tRNA表达谱分析，为下一步的密码子偏好性、蛋白翻译效率和准确性、细胞动力学以及病毒感染的细胞嗜性等研究给予重要线索，是进行tRNA研究必不可少的工具。为了保证数据可信度，芯片还包含了3个看家小RNA作为内参，3个质控对照RNA Spike-in、PCR阳性对照（PPC）和基因组DNA对照（GDC）,分别用于监测cDNA合成质量、PCR效率和基因组DNA污染。
         tRNA存在种类繁多的修饰，对其发挥功能十分关键。然而，这些修饰尤其是甲基化修饰会严重阻碍反转录的进行，导致cDNA合成终止或碱基错配。为此，Arraystar专门开发了针对tRNA的反转录试剂盒 (rtStar™ tRNA-optimized First-Strand Synthesis Kit)。该试剂盒采用了一种高效的RNA去甲基化酶AlkB，能够有效地去除tRNA上的甲基化修饰，极大地提高cDNA合成质量。与此试剂盒组合使用，研究人员能够取得更为真实可靠的tRNA表达变化，为研究蛋白质组或tRNA来源片段（tRFs）给予重要信息。

  
  

  nrStar™ Human tRNA Repertoire PCR 芯片产品列表

  服务	芯片	规格	描述
  nrStar™ Human tRNA Repertoire PCR Array Service	nrStar™ Human tRNA Repertoire PCR Array	384-well (4*96) plate	同时检测66个细胞核tRNA和22个线粒体tRNA

  
  

  芯片特点
  ● 囊括GtRNAdb和tRNAdb数据库中所有的细胞核与线粒体反密码子
  ● 伴随的去甲基化处理使得检测结果更加真实可靠
  ● 所有引物均在多种细胞和组织中顺利获得验证
  ● 即拆即用型384孔板，几小时内便可得到结果

  
  

  tRNA Repertoire芯片服务流程

  1. RNA抽提与质量检测
         进行RNA常规抽提，使用NanoDrop ND-1000检测RNA浓度和纯度，使用琼脂糖凝胶电泳检测RNA纯度和完整性。详细的样品QC结果见Arraystar服务报告。
  2. 去甲基化处理与cDNA合成
         每样本取1.5 μg RNA，使用rtStar™ tRNA-optimized First-Strand Synthesis Kit (Cat# AS-FS-004, Arraystar) 试剂盒进行去甲基化处理和反转,合成cDNA第一链。详细步骤参照Arraystar产品操作手册。
  3. Real-time PCR扩增
         将cDNA与 Arraystar SYBR Green qPCR Master Mix (Cat# AS-MR-005-5, Arraystar)混合，加入至384孔板中，在ABI 7900 PCR仪上进行Real-time PCR扩增。
  4. 熔解曲线分析与原始数据导出
         PCR扩增完成后，进行熔解曲线分析，使用PCR仪自带软件导出原始数据。出具Raw Data文件夹，包含原始Ct值、PCR扩增曲线图和熔解曲线图。

  
  

  tRNA Repertoire芯片数据分析流程

  1. PCR芯片数据质控
         质控参数：Ct(Blank)>35; Ct(GDC)>35; Ct(RNA Spike-in)<25; Ct (PPC) <25. 符合上述条件的样本进入下一步分析。数据QC结果见Arraystar服务报告。
  2. 数据校正与△Ct值计算
         板间校正：使用Ct(PPC)对不同PCR板进行板间校正。
         内参校正与△Ct值计算：挑选最优内参，使用内参均值计算△Ct值。
  3. 差异倍数计算(2^(-△△Ct))
         使用 △△Ct 方法计算不同样品组之间的表达差异倍数。
  4. P值计算
         对样本组进行t检验，计算P值。
  5. 其他常规数据分析
         散点图分析；火山图分析；TOP20表达上调和下调tRNA柱形图分析
  6. 给予服务报告与数据分析结果
         a. Arraystar服务报告（包括RNA样本QC、qPCR数据QC和详细实验数据分析步骤）
         b. Excel芯片结果汇总表（包括tRNA列表，数据分析结果和各类图表）
         c. Raw Data文件夹 (包含原始数据、扩增曲线图和熔解曲线图)

  
  

  tRNA Repertoire芯片部分分析结果展示

  1. 差异表达tRNA列表（默认筛选参数：差异倍数>1.5；P<0.05，客户可指定筛选参数值）

  

  
  

  2. 散点图(黑色斜线代表差异倍数为1，红色斜线代表差异倍数为1.5)

     

  
  

  3. 火山图（黑色垂线代表差异倍数为1；粉色垂线代表上调或下调倍数为1.5；蓝色水平线代表P值为0.05）

       

  
  

  4. TOP20表达上调tRNA柱状图

     

  
  

  5. TOP20表达下调tRNA柱状图

    

  
  

  
  

  
  

  
  

  
  

•        作为一种新型的tRNA来源的非编码小RNA，tRF& tiRNA由精确调控的生物发生过程所产生，参与行使多种生物学功能: 作为microRNA参与RNA干扰；调节靶向mRNA的稳定性；在细胞应激条件下促进应激颗粒(SG)的组装；调控细胞凋亡；作为表观遗传因子在世代间传递。tRFs& tiRNA的组成和含量高度依赖于细胞类型，并且与多种病理状态密切相关。它们在生物体液中广泛存在，含量远超microRNA，使之有望成为极佳的分子标志物。
  

         Arraystar公司最新发布的 nrStar™ Human tRF & tiRNA PCR Array包含了185类来自权威数据库收录和最新文献报道的tRF或tiRNA，方便客户对tRF & tiRNA进行简单快捷地表达谱分析。

  
  

  nrStar™ Human tRF&tiRNA PCR芯片服务列表

  服务	芯片	规格	描述
  nrStar™ Human tRF&tiRNA PCR Array Service	nrStar™ Human tRF&tiRNA PCR Array	384-well (2*192) plate	包含了185类来自权威数据库收录和最新文献报道的tRF或tiRNA

  
  

  芯片特点
  ● 前沿—近年来tRF & tiRNA研究呈井喷式的增长
  ● 专注—专注于出现频次高、生理病理关联性强的tRF&tiRNA类群
  ● 严谨—每一对qPCR引物都经过精心地优化和严格地测试

  ● 便捷—随取随用，极致便捷；标准qPCR板型直接测样，无需预扩增

  
  

  tRF&tiRNA PCR芯片实验流程

  1. RNA抽提与质量检测
         进行RNA常规抽提，使用NanoDrop ND-1000检测RNA浓度和纯度，使用琼脂糖凝胶电泳检测RNA纯度和完整性。详细的样品QC结果见Arraystar服务报告。
  2. 双端接头连接与cDNA合成
         每样本取1.5 μg RNA，使用rtStar™ First-Strand cDNA Synthesis Kit (3’ and 5’ adaptor) (Cat# AS-FS-003, Arraystar) 试剂盒进行接头连接和反转,合成cDNA第一链。详细步骤参照Arraystar产品操作手册。
  3. Real-time PCR扩增
         将cDNA与 Arraystar SYBR Green qPCR Master Mix (Cat# AS-MR-005-5, Arraystar)混合，加入至384孔板中，在ABI 7900 PCR仪上进行Real-time PCR扩增。
  4. 熔解曲线分析与原始数据导出
         PCR扩增完成后，进行熔解曲线分析，使用PCR仪自带软件导出原始数据。出具Raw Data文件夹，包含原始Ct值、PCR扩增曲线图和熔解曲线图。

  
  

  tRF&tiRNA PCR芯片数据分析流程

  1. PCR芯片数据质控
         质控参数：Ct(Blank)>35; Ct(GDC)>35; Ct(RNA Spike-in)<25; Ct (PPC) <25. 符合上述条件的样本进入下一步分析。数据QC结果见Arraystar服务报告。
  2. 数据校正与△Ct值计算
         板间校正：使用Ct(PPC)对不同PCR板进行板间校正。
         内参校正与△Ct值计算：挑选最优内参，使用内参均值计算△Ct值。
  3. 差异倍数计算(2^(-△△Ct))
         使用 △△Ct 方法计算不同样品组之间的表达差异倍数。
  4. P值计算
         对样本组进行t检验，计算P值。
  5. 其他常规数据分析
         散点图分析；火山图分析；TOP20表达上调和下调tRF&tiRNA柱形图分析
  6. 给予服务报告与数据分析结果
         a. Arraystar服务报告（包括RNA样本QC、qPCR数据QC和详细实验数据分析步骤）
         b. Excel芯片结果汇总表（包括tRF&tiRNA列表，数据分析结果和各类图表）
         c. Raw Data文件夹 (包含原始数据、扩增曲线图和熔解曲线图)

  
  

  tRF&tiRNA PCR芯片部分数据分析结果展示
  1. 差异表达tRF & tiRNA列表（默认筛选参数：差异倍数>2；P<0.05，客户可指定筛选参数值）

  

  
  

  2. 散点图(黑色斜线代表差异倍数为1，红色斜线代表差异倍数为2)  

          

  
  

  3. 火山图（黑色垂线代表差异倍数为1；粉色垂线代表上调或下调倍数为2；蓝色水平线代表P值为0.05）

       

  
  

  4. TOP20表达上调tRF & tiRNA柱状图

    

  
  

  5. TOP20表达下调tRF & tiRNA柱状图

    

  
  

  
  

  
  

  
  

  
  

•        Arraystar公司最新推出的nrStar™ Human Functional LncRNA PCR Array，可同时检测372个功能已知或疾病相关的金标准lncRNA。这些lncRNA精心挑选于科研文献和最新数据库。与大部分功能未知、序列残缺的lncRNA相比，产品中的lncRNA特征明确、信息完善。Arraystar为这些lncRNA给予了详细的注释信息，包括生物学功能（干细胞分化、胚胎发育、心血管发育、造血系统与免疫、内分泌系统……）和作用机制（基因表达调控、表观遗传、基因组印记、染色体修饰……）等。lncRNA表达失调还与和神经退行性疾病、心血管疾病、糖尿病和癌症等病理特征紧密相关。另外，LncRNA在表达分布和组织/疾病特异性上高于mRNA，已有不少已知或未知功能的lncRNA被认为具有分子标志物潜能。比如，PCA3已顺利获得FDA认证，应用于前列腺癌的临床诊断。
         Arraystar功能性lncRNA PCR芯片不仅含有最佳的内容，而且具有最优的技术表现。顺利获得靶向特定的外显子或可变剪接位点，每对lncRNA引物可以检测到特定的转录本，从而区分同一lncRNA基因的不同转录本亚型。“机智”的cDNA合成策略保证了从完整或降解的RNA样本检测多聚腺苷酸尾和非多聚腺苷酸尾lncRNA的有效性。严格的外参、内参设置以及可信度高的均一化策略，保证了高质量的qPCR结果及其精确定量，可充分满足临床诊断应用或分子标志物鉴定所需。
  
  nrStar™ Human Functional LncRNA PCR芯片服务列表

  服务	芯片	规格	描述
  nrStar™ Human Functional LncRNA PCR Array Service	nrStar™ Human Functional LncRNA PCR Array	384-well plate	同时检测372个功能已知或疾病相关的金标准lncRNA

  
  芯片特点
  ●覆盖最新最全的已知功能lncRNA：从最新数据库和科研文献中收集了372个与生物学过程和疾病明确相关的LncRNA转录本。PCR芯片包含现在市场上最新最全的已知功能LncRNA。
  ●强效检测：无论样本是否降解，lncRNA是否有Poly(A)尾，都可被Arraystar“机智”的流程所检测，得到高质量的数据结果。
  ●最可靠和最精准的lncRNA定量检测：顺利获得使用一系列严格的外参和内参，芯片中的每个LncRNA转录本都能被准确和可靠的定量检测。与常规使用一个内参基因不同，Arraystar公司产品使用生物信息学方法从多个候选内参基因中挑选出最适的内参基因进行数据均一化。
  ●转录本特异性检测：顺利获得靶向特异性的外显子或可变剪接位点，芯片中的PCR引物准确有效的检测每个LncRNA转录本。
  ●稳定有效的PCR引物：所有LncRNA引物均经过精心优化，并在多种细胞和组织中顺利获得验证。
  

  ●简单便捷：384孔板，即拆即用。只需将反转好的cDNA与qPCR Master Mix混合，加入到384孔板，即可进行qPCR反应。所有流程可在4小时内完成。

  
  

  Functional LncRNA PCR芯片服务实验流程

  1. RNA抽提与质量检测
         进行RNA常规抽提，使用NanoDrop ND-1000检测RNA浓度和纯度，使用琼脂糖凝胶电泳检测RNA纯度和完整性。详细的样品QC结果见Arraystar服务报告。
  2. cDNA合成
         每样本取1.5 μg RNA，使用rtStar™ First-Strand Synthesis Kit (Cat# AS-FS-001, Arraystar) 试剂盒进合成cDNA第一链。详细步骤参照Arraystar产品操作手册。
  3. Real-time PCR扩增
         将cDNA与 Arraystar SYBR Green qPCR Master Mix (Cat# AS-MR-005-5, Arraystar)混合，加入至384孔板中，在ABI 7900 PCR仪上进行Real-time PCR扩增。
  4. 熔解曲线分析与原始数据导出
         PCR扩增完成后，进行熔解曲线分析，使用PCR仪自带软件导出原始数据。出具Raw Data文件夹，包含原始Ct值、PCR扩增曲线图和熔解曲线图。  

  
  

  Functional LncRNA PCR芯片服务数据分析流程
  1. PCR芯片数据质控
         质控参数：Ct(Blank)>35; Ct(GDC)>35; Ct(RNA Spike-in)<25; Ct (PPC) <25. 符合上述条件的样本进入下一步分析。数据QC结果见Arraystar服务报告。
  2. 数据校正与△Ct值计算
         板间校正：使用Ct(PPC)对不同PCR板进行板间校正。
         内参校正与△Ct值计算：挑选最优内参，使用内参均值计算△Ct值。
  3. 差异倍数计算 (2^(-△△Ct))
         使用 △△Ct 方法计算不同样品组之间的表达差异倍数。
  4. P值计算
         对样本组进行t检验，计算P值。
  5. 其他常规数据分析
         散点图分析；火山图分析；TOP20表达上调和下调LncRNA柱形图分析
  6. 给予服务报告与数据分析结果
         a. Arraystar服务报告（包括RNA样本QC、qPCR数据QC和详细实验数据分析步骤）
         b. Excel芯片结果汇总表（包括tRNA列表，数据分析结果和各类图表）
         c. Raw Data文件夹 (包含原始数据、扩增曲线图和熔解曲线图)

  
  

  Functional LncRNA PCR芯片服务部分数据分析结果展示
  1. 差异表达LncRNA列表（默认筛选参数：差异倍数>2；P<0.05，客户可指定筛选参数值）

  

  
  

  
  2. 散点图(黑色斜线代表差异倍数为1，红色斜线代表差异倍数为2)差异表达
  

  

  
  

  
  3. 火山图（黑色垂线代表差异倍数为1；粉色垂线代表上调或下调倍数为2；蓝色水平线代表P值为0.05）
  

  

  
  

  
  4. TOP20表达上调LncRNA柱状图
  

  

  
  5. TOP20表达下调LncRNA柱状图
  

  

  
  

  
  

  
  

  
  

  
  

•        近年来，snoRNA已成为疾病领域特别是癌症领域的研究热点。snoRNA在血液、痰液以及尿液中稳定存在，是高潜能的疾病诊断分子标志物。Arraystar公司最新推出的nrStar™ Human snoRNA PCR Array，包含了359条从权威数据库SnoPY 与 snoRNA-LBME-db精心挑选的snoRNA，是现在市场上snoRNA覆盖度最高的PCR芯片，是进行snoRNA表达检测与功能研究必不可少的工具。

         核仁小RNA (snoRNA) 是一类中等长度的非编码小RNA分子，其长度60-300 nt不等，是snoRNPs复合物的主要成员之一[1]。在snoRNP复合物中，snoRNA顺利获得碱基互补原理识别rRNA上的特定位点，引导复合物对这些位点进行2＇-O甲基化和假尿嘧啶化修饰。在脊椎动物中，核仁小RNA的编码基因主要位于蛋白编码基因的内含子区，其转录产物经转录后加工形成成熟的核仁小RNA[2]。snoRNA参与多种生物学过程，包括rRNA的加工处理，RNA剪接和翻译，以及对氧化应激反应的调控[3]。根据snoRNA结构与功能的不同，可将snoRNA分为两大类：负责2＇-O甲基化的box C/D snoRNA和负责假尿嘧啶化的box H/ACA snoRNA[1]。另外，还存在一类比较特殊的snoRNA— scaRNAs。scaRNAs特异表达于细胞核的Cajal小体，具有类似的C/ D box或H/ ACA box结构[4]。snoRNA还产生类似miRNA的短片段非编码RNA，可与AGO蛋白结合并识别靶向mRNA序列，调控其翻译过程[5]。
         多项研究表明，snoRNA在肿瘤中异常表达，并在肿瘤转移过程中扮演着重要角色。有些snoRNA可作为肿瘤促进剂或抑制剂发挥功能[6-7]。例如，SNORD50A/B具有结合K-Ras并抑制其活性的功能，常在癌症中发生缺失突变[8]；SNORD44 (RNU44) 和SNORD43 (RNU43) 与乳腺癌的不良预后有关[9]；SNORA80E (SNORA42) 在肺癌中作为癌基因存在，抑制SNORA42的表达能够产生明显的抗癌作用[10]。C/D Box 类snoRNAs在癌症中普遍高表达[11]。此外，snoRNA在神经退行性疾病的发生开展过程也发挥着关键作用。

  
  

  nrStar™ Human Functional LncRNA PCR Array服务列表

  服务名称	芯片	规格	描述
  nrStar™ Human snoRNA PCR Array Service	nrStar™ Human snoRNA PCR Array	384-well plate	359条snoRNA，7条snoRNA靶向snRNA和 4条snoRNPs复合物成员mRNA

  
  

  芯片特点
  •最佳覆盖范围—同一块384孔板上覆盖了snoRNA，snoRNA靶向snRNA以及snoRNP复合物成员，是现在市场上覆盖度最高的PCR芯片
  •无与伦比的灵敏度–只需50 ng总RNA，无需扩增
  •稳定有效的PCR引物– 所有引物均在不同的细胞组织样本中顺利获得严格验证
  •简单快速–无需扩增，只需将反转好的cDNA与SYBR® Green master mix混合加入到板中，然后运行qPCR, 4小时内即能得到实验结果
  •疾病分子标志物筛选–高覆盖度、灵敏度、准确率以及高通量使其成为疾病分子标志物筛选与验证的首选

  
  

  PCR芯片所包含的snoRNA列表
  SnoPY ：http://snoopy.med.miyazaki-u.ac.jp/
  snoRNA-LBME-db：http://www-snorna.biotoul.fr//

  C/D BOX（213） SNORD4A; SNORD5; SNORD6; SNORD7; SNORD8; SNORD9; SNORD10; SNORD119; SNORD121A;SNORD121B;SNORD123;SNORD124;SNORD126;SNORD127; SNORD1A;SNORD1B;SNORD1C;SNORD2;SNORD101;SNORD102;SNORD103; SNORD103B;SNORD104;SNORD105;SNORD105B;SNORD12C;SNORD13; SNORD14A;SNORD14B;SNORD15A;SNORD15B;SNORD16;SNORD18A; SNORD18B;SNORD18C;SNORD20;SNORD21;SNORD22;SNORD24; SNORD25;SNORD26;SNORD27;SNORD28;SNORD3;SNORD30;SNORD31; SNORD32A;SNORD32B;SNORD33;SNORD34;SNORD35A;SNORD35B; SNORD36A;SNORD36B;SNORD36C;SNORD37;SNORD38A;SNORD38B; SNORD41;SNORD42A;SNORD42B;SNORD43;SNORD4B;U97;SNORD96B; SNORD96A;SNORD95;SNORD94;SNORD86;SNORD84;SNORD83B; SNORD83A;SNORD117;SNORD82;SNORD81;SNORD80;SNORD118; SNORD78;SNORD77;SNORD76;SNORD75;SNORD73a;SNORD63;SNORD62B; SNORD61;SNORD60; SNORD59B; SNORD59A; SNORD58B; SNORD58C; SNORD57;SNORD56;SNORD55;SNORD54;SNORD53;SNORD52;SNORD51; SNORD50; SORD50B; SNORD48; SNORD47; SNORD46; SNORD45A; SNORD45B; SNORD45C; SNORD44;SNORD12;SNORD12B;SNORD112;SNORD113-1;SNORD114-1;SNORD17; SNORD19; SNORD19B; SNORD23; SNORD65; SNORD66; SNORD67; SNORD88A/B/C; SNORD68;SNORD69;SNORD70;SNORD71;SNORD72;SNORD85;SNORD87; SNORD90; SNORD91A; SNORD91B; SNORD92; SNORD93; SNORD98; SNORD99; SNORD100; SNORD109A/B; SNORD115-1; SNORD110; SNORD111; SNORD111B; SNORD116-1; SNORD11;SNORD11B;SNORD12;SNORD12B;SNORD113-2;SNORD113-4；SNORD113-5; SNORD113-6; SNORD113-7; SNORD113-8; SNORD113-9/ SNORD113-3; SNORD114-10/18; SNORD114-11; SNORD114-12/14; SNORD114-13; SNORD114-15/3/5/21/23/25/26; SNORD114-17/4; SNORD114-19; SNORD114-2; SNORD114-20/21/22/28; SNORD114-24; SNORD114-29/30; SNORD114-31; SNORD114-6/9; SNORD114-7; SNORD115-11; SNORD115-12; SNORD115-17/18/23; SNORD115-27/29/30;SNORD115-28; SNORD115-36; SNORD115-37; SNORD115-48; SNORD116-11; SNORD116-12/16/17/18/21/22/24; SNORD116-13/14/15/20; SNORD116-19; SNORD116-23;SNORD116-25/26; SNORD116-27/29/30; SNORD116-28; SNORD116-5; SNORD116-6; SNORD116-9; SNORD79; SNORD58A; SNORD49A; SNORD49B; SNORD45BL2;SNORD42BL1;SNORD3@L39;SNORD3@L19;SNORD118L14; SNORD3L3;SNORD118L11;SNORD68L1;SNORD118L9;SNORD3@L37; SNORD74L5;SNORD45BL1; SNORD65L2; SNORD23; SNORD38BL3; SNORD44L1; SNORD74L4; SNORD45BL3; SNORD56L7; SNORD77L3; SNORD41L1; SNORA25L14; SNORD75L2; SNORD114-15L1; U3.41-201; SNORD53L1; SNORD55L1; SNORD62BL1; SNORD51L1

  H/ACA BOX（122） SNORA10; SNORA13; SNORA14A; SNORA14B; SNORA15; SNORA16; SNORA17; SNORA18; SNORA19; SNORA21; SNORA22; SNORA23; SNORA24; SNORA25;  SNORA28; SNORA3; SNORA2B; SNORA45; SNORA30; SNORA31; SNORA33;  SNORA34; SNORA36; SNORA36B; SNORA37; SNORA38; SNORA39; SNORA4; SNORA41; SNORA42; SNORA43; SNORA44; SNORA46; SNORA48; SNORA49; SNORA5A; SNORA50; SNORA51; SNORA52; SNORA53; SNORA54; SNORA55; SNORA56; SNORA58; SNORA59; SNORA5B; SNORA5C; SNORA6; SNORA60;  SNORA61; SNORA77; SNORA80; SNORA80B; SNORA7A; SNORA8; SNORA9; SNORA62; SNORA63; SNORA47; SNORA35; SNORA26; SNORA11B; SNORA11D; SNORA11E; SNORA36C; SNORA38B; SNORA84; SNORA11; SNORA12; SNORA73A; SNORA73B; SNORA74A; SNORA74B; SNORA64; SNORA65; SNORA66; SNORA67; SNORA70; SNORA70B; SNORA70C; SNORA70D; SNORA70E; SNORA70F; SNORA71A; SNORA71B; SNORA72; SNORA99; SNORA71D; SNORA20; SNORA27; SNORA29; SNORA32; SNORA40; SNORA78; HBI-61; SNORA11C; SNORA68; SNORA69; SNORA16B; SNORA1; SNORA72L7; SNORA64L2; SNORA18L1; SNORA62L2;  AL137790.4; SNORA11DL1; SNORA51L11; SNORA10L1; SNORA12L2; SNORA11EL1; SNORA70BL6; SNORA20L1; SNORA63L9; SNORA18L2; SNORA20L4; SNORA11BL2; SNORA67L1; SNORA32L2; SNORA2AL1; SNORA43L2; SNORA12L1; SNORA62L4

  Cajal body-specific scaRNAs（24） SCARNA18; HTR; HBII-382; SCARNA13; SCARNA8; SCARNA17; SCARNA7; SCARNA12; SCARNA6; SCARNA5; SCARNA10; SCARNA14; mgU2-25/61; SCARNA9; mgU12-22/U4-8; HBI-100; ACA68; ACA66; SCARNA11; SCARNA16; SCARNA1; SCARNA4; SCARNA23; SCARNA22

  
  

  snoRNA PCR芯片实验流程

  1.RNA抽提与质量检测
         进行RNA常规抽提，使用NanoDrop ND-1000检测RNA浓度和纯度，使用琼脂糖凝胶电泳检测RNA纯度和完整性。详细的样品QC结果见Arraystar服务报告。
  2.cDNA合成
         每样本取1.5 μg RNA，使用rtStar™ First-Strand Synthesis Kit (Cat# AS-FS-001, Arraystar) 试剂盒合成cDNA第一链。详细步骤参照Arraystar产品操作手册。
  3.Real-time PCR扩增
         将cDNA与 Arraystar SYBR Green qPCR Master Mix (Cat# AS-MR-005-5, Arraystar)混合，加入至384孔板中，在ABI 7900 PCR仪上进行Real-time PCR扩增。
  4.熔解曲线分析与原始数据导出
  

         PCR扩增完成后，进行熔解曲线分析，使用PCR仪自带软件导出原始数据。出具Raw Data文件夹，包含原始Ct值、PCR扩增曲线图和熔解曲线图。

  
  

  snoRNA PCR芯片数据分析流程
  1.PCR芯片数据质控
         质控参数：Ct(Blank)>35; Ct(GDC)>35; Ct(RNA Spike-in)<25; Ct (PPC) <25. 符合上述条件的样本进入下一步分析。
  2.数据校正与△Ct值计算
         板间校正：使用Ct(PPC)对不同PCR板进行板间校正。
         内参校正与△Ct值计算：挑选最优内参，使用内参均值计算△Ct值。
  3.差异倍数计算 (2^(-△△Ct))
         使用 △△Ct 方法计算不同样品组之间的表达差异倍数。
  4.P值计算
         对样本组进行t检验，计算P值。
  5.其他常规数据分析
         散点图分析；火山图分析；TOP20表达上调和下调snoRNA柱形图分析
  6.给予服务报告与数据分析结果
         a.Arraystar服务报告（包括RNA样本QC和详细实验数据分析步骤）
         b.Excel芯片结果汇总表（包括snoRNA列表，数据分析结果和各类图表）
         c.Raw Data文件夹 (包含原始数据、扩增曲线图和熔解曲线图)

  
  

  Arraystar snoRNA PCR芯片服务部分结果展示
  1.差异表达snoRNA列表（默认筛选参数：差异倍数>2；P<0.05，客户可指定筛选参数值）

  

  
  

  2.散点图 (黑色斜线代表差异倍数为1，红色斜线代表差异倍数为2)

  

  
  

  3.火山图（黑色垂线代表差异倍数为1；粉色垂线代表上调或下调倍数为2；蓝色水平线代表P值为0.05）

  

  
  

  4.TOP20表达上调snoRNA柱状图

  

  
  

  5.TOP20表达下调snoRNA柱状图