LEHU乐虎

    OOPS-seq/OOPS 芯片

    • 简介
    • 技术独特性与优势
    • 技术路线

    • 正交有机相分离（Orthogonal Organic Phase Separation, OOPS）是一种基于硫氰酸胍-酚-氯仿相分离原理的实验技术，可在全基因组范围内高效挖掘“RNA-蛋白质”相互作用信息。与传统的RNA pull-down或免疫沉淀技术相比，OOPS不再把某一靶RNA或某一靶蛋白作为研究起点，而是把细胞内所有“RNA-蛋白”互作复合物顺利获得相分离富集下来。OOPS结合质谱，可以对互作组中的所有蛋白进行检测；OOPS结合RNA测序或芯片，可以对互作组中的所有RNA进行检测。OOPS能够全面捕获机体在不同状态下RNA-蛋白互作信息的变化，为疾病机制的解析、生长发育及细胞功能调控等生物学过程的研究给予全新的视角和工具（图 1）。


      图 1 细胞在诺考达唑处理前后的总蛋白与RNA互作蛋白分析。 图左Total部分：诺考达唑处理前后，细胞的蛋白表达水平没有明显的变化；图右OOPS RBP部分：诺考达唑处理前后，细胞中与RNA互作的蛋白发生了明显的变化。OOPS为研究者给予了全新的视角和工具。

      基于OOPS技术，我司给予的OOPS-Seq/芯片服务能高效取得与所有蛋白互作的转录组学信息，为科研工作者给予全面的数据分析，助力相关领域的研究探索和疾病机制的深入理解。
    • 1、技术独特性：       
      全面性：全基因组范围内检测蛋白质互作转录组（PBRs）。
      2、技术优势：
      易动态分析：支持时间分辨研究，如药物处理或细胞周期变化下“RNA-蛋白质”互作信息的动态捕获。
      高准确性：波长254nm的紫外交联与两步有机相分离步骤，可有效去除非特异性结合的RNA和蛋白质，显著提高“RNA-蛋白质”互作研究的准确性。
      高灵敏度与效率：能够捕获低丰度的“RNA-蛋白质”复合物，揭示弱相互作用或瞬时结合的分子事件。
      适用性广：对不同物种，不同组织材料类型均表现出良好的兼容性。

    • 图 2 OOPS实验流程图


      OOPS Seq / OOPS 芯片实验的标准技术路线：
      紫外交联：紫外线（254 nm）照射细胞或组织样本，将RNA与其结合蛋白共价交联，可固定其相互作用；
      细胞裂解和相分离：在变性条件下裂解样本，可最大程度维持复合物的完整性。有机相（酚-氯仿）与水相分离后，游离的RNA进入水相，游离的蛋白进入有机相，交联的“RNA-蛋白质”复合物则分布于两相的中间层；
      “RNA-蛋白质”复合物的回收与酶解：收集中间层分布的“RNA-蛋白质”复合物；
      RNA分离：用蛋白酶消化蛋白，释放和纯化蛋白质结合的RNA；
      下游分析：
      RNA测序/芯片：建库和测序/芯片分析互作组中RNA分子的种类和量的变化。